Ponieważ brak jest dokumentów ściśle określających datę wybudowania kościoła mariackiego, powstało wiele ciekawych hipotez na ten temat. Jedna z nich, zakłada, że w miejscu obecnego kościoła, istniał wcześniejszy kościół p.w. św. Maurycego, którego fragmenty murów wykorzystano przy wznoszeniu opisywanego. Pod budowę kościoła farnego, wytyczono plac tuż obok głównego rynku, na którym był usytuowany ratusz siedziba władz miejskich. Najbardziej prawdopodobne jest datowanie powstania budowli na połowę XIV wieku.

Pod koniec XV wieku, na rzecz kościoła miały miejsce fundacje wikariuszy. Powstał w związku z tym, w północnej części budynku rząd kaplic z ołtarzami Trzech Króli, Świętego Krzyża i Bożego Ciała. W tym czasie powstały też dwie, dodatkowe kaplice przylegające do wieży kościoła. Z dokumentu z 1490 roku, wiadomo, że w nawie północnej po stronie wschodniej znajdowała się kaplica rodu Mysławów, zaś naprzeciwko niej, rodu Wulffenów. W 1596 roku nastąpił podział kaplicy znajdującej się przy prozbiterium na dwie kondygnację, z przeznaczeniem na potrzeby szkoły. W jednym z pomieszczeń znajdujących się w wieży, zostało umiejscowione kościelne archiwum. W roku 1668 grożący zawaleniem się hełm wieży kościelnej znany z mapy Lubinusa z 1618 roku, został rozebrany. W jego miejsce powstał nowy, o barkowej formie, konstrukcji mistrza Eliasza Gidde.

8 grudnia 1703 roku, w czasie burzy hełm wieży został zniszczony. Jego odbudową w następnym roku, zajął się Abraham Tasche i Marcin Dendeler. W kościelnej wieży, w tym czasie znajdowało się pięć dzwonów. Bezpośrednio pod czterospadowym dachem biegła dookoła galeryjka, a tuż nad nią pięła się do góry dwukondygnacyjna wysmukła wieżyczka. Wieża ponownie remontowana była w roku 1779 oraz 1873, a istniała do roku 1945. W XIX wieku czekały kościół liczne zmiany. W 1803 roku rozebrano kaplice znajdujące się przy północnej nawie, 1854 roku demontażowi uległy kaplice przylegające do wieży. W latach 1858÷1860 zaplanowano regotyzację, w celu podkreślenia gotyckiego charakteru budowli. Dokumentacja została opracowana przez architekta Deutschmanna i po niewielkich poprawkach naniesionych przez naczelnego konserwatora zabytków Prus Ferdynanda von Quasta, zatwierdzona.

Kościół uzyskał neogotycką formę architektoniczną, m.in. szczyty nad nawami bocznymi, nowe otwory drzwiowe i okienne w wieży. We wnętrzu budynku, usunięto wszystkie empory, chór organowy został przeniesiony pod wieżę. Uroczysta konsekracja odbyła się w listopadzie 1860 roku. W takim stanie, kościół przetrwał do wiosny 1945 roku. W trakcie pobytu Armii Czerwonej w Słupsku, spłonął hełm wieży oraz dach kościoła wraz z cała Słupską Starówką. Poważnie uszkodzone zostało sklepienie oraz zniszczono wnętrza. Nowi parafianie przystąpili do odbudowy zniszczeń. Po dwóch latach, w 1947 roku budowlę przykryto nowym dachem, uporządkowano zniszczenia wojenne i przywrócono pierwotne funkcje świątyni. W roku 1995 na całym dachu kościoła pojawiła się nowa dachówka. Natomiast w latach 2003÷2004 odbudowano kościelną wieżę oraz zrekonstruowano barokowy hełm.

Mimo przemian, jakim świątynia ulegała na przestrzeni wieków, nie zmienił się jej zasadniczy kształt. Charakteryzuje się, bowiem masywną sylwetkę, a jednocześnie jej najważniejsze części; korpus, prezbiterium i wieża są wyraźnie zaznaczone. Ściany świątyni murowane są z cegieł o charakterystycznym dla gotyku układzie; wątku wendyjskim i polskim (za wyjątkiem północnej ściany korpusu, która została przebudowana). Jest to bazylika składająca się z trójnawowego, pięcioprzęsłowego korpusu, niższego dwuprzęsłowego prezbiterium i wieży. Do południowej ściany korpusu przylega zakrystia i ośmioboczna wieżyczka mieszcząca schody (podobna wieżyczka znajduje się w południowej stronie prezbiterium). Korpus budynku pokryty jest dachem dwuspadowym, natomiast wieża czterospadowym.

Pierwotne wyposażenie kościoła uległo zagrabieniu i zniszczeniu już w czasie zamieszek na tle religijnym w 1625 roku. Następne, niepowetowane szkody przyniósł rok 1945. Tylko ze zdjęć znamy barokowy ołtarz główny, o bogato rzeźbionym prospekcie z szeregiem dwustronnie malowanych obrazów. Dzieło zostało wykonane przez słupskiego snycerza Pawła Waltersdorfa (z cechu bursztynników) w 1630 roku. Do dzisiaj zachowała się późnorenesansowa ambona jego dłuta, z roku 1609 z widocznymi na korpusie i balustradzie, scenami z życia Chrystusa oraz postaciami ewangelistów i świętych. Ornamenty pokrywa polichromia i złocenia. Prawdziwa ozdoba tej ambony - kilkukondygnacyjny ambont, bursztynowa korona z XVII wieku została zdemontowana w czasie wojny i zaginęła. Do naszych czasów zachowały się także dwa epitafia; z obrazem Ukrzyżowanego i klęczącymi postaciami w bogato rzeźbionej ramie, pochodzące z połowy XVII wieku. Oraz epitafium Szymona Schreodera, przedstawiające upadek Chrystusa pod krzyżem z 1671 roku.