W 1637 roku, po zgonie Bogusława XIV i wygaśnięciu linii Gryfitów, elektor brandenburski wydał dekret o włączeniu Pomorza Środkowego do Brandenburgii. Po zakończeniu wojny trzydziestoletniej, postanowieniami traktatu w Osnabruck w 1648 roku Brandenburgia otrzymała m.in. ziemie słupskie, które znalazły się na okres 270 lat pod bezpośrednimi rządami brandenburskiej linii Hohenzollernów. Faktyczne zajęcie przyznanych Brandenburgii ziem nastąpiło po 1653 roku. Słupsk dzielił się na dwie części o odmiennych podstawach prawnych. Nowe Miasto (wraz z wydzieloną częścią Starego Miasta), znajdujące się na lewym brzegu Słupi znajdowało się pod władzą rady miejskiej. Pozostała część Starego Miasta, jako wieś podlegała pod jurysdykcję państwową. Jurysdykcja ta, była sprawowana do 1720 roku przez słupskie landwójtostwo, po tej zaś dacie przez landrata.

Pierwszą zwierzchnią instytucją, w której zapadały decyzję rozstrzygające dla miast Pomorza brandenburskiego było od 1654 roku Dyrektorium z siedzibą w Stargardzie. Słupska rada miejska w połowie XVIII w liczyła dwanaście osób. Jedynie tzw. pierwszemu burmistrzowi (z trzech) przysługiwało wydawanie decyzji wiążących. Reprezentował on interesy miasta na zewnątrz oraz zasiadał w stargardzkim Dyrektorium. W zakresie sądownictwa miasto było całkowicie samodzielne, jedynie w wypadku prawa morskiego odwoływano się do sądu portowego, mieszczącego się w Kołobrzegu.

W 1740 roku słupski magistrat składał się z ośmiu osób; dwóch burmistrzów, sekretarza, szafarza i czterech senatorów. Był to charakterystyczny system dla miast królestwa pruskiego, zwany magistrackim. Od końca XVII wieku dystrykty (okręgi terytorialnej administracji państwowej) zaczęto nazywać powiatami. W 1724 roku została przeprowadzona zasadnicza reforma administracyjna, na jej podstawie Pomorze Brandenburskie zostało podzielone na dwie rejencje; szczecińską i koszalińska oraz 24 powiaty, powiat słupski był jednym z największych. Radcę ziemskiego, który zarządzał powiatem nazwano landratem. Sprawował funkcję nadzoru finansów i posiadał szerokie uprawnienia policyjne.

Państwo pruskie po klęsce z napoleońską Francją w 1806 roku, przystąpiło do reform wewnętrznych. Szczególnie istotna rola przypadła ustawie miejskiej z 1808 roku. Wg tej ustawy miastem zarządzały dwa ciała samorządowe; rada miejska i magistrat. Pierwszą radą miejską (organ ustawodawczy) wybrano w 1809 roku; liczyła ona 39 członków i 13 zastępców. Magistrat (organ wykonawczy) zaś był wybierany przez radę miejską, słupski magistrat składał się z 12 osób wraz z burmistrzem. Burmistrz był wybierany raz na 12 lat, członkowie magistratu na lat 6. Istniały też specjalne komisje doradcze, tzw. deputacje miejskie, które zajmowały się określonymi sprawami obywatelskimi. Powstała niezależna od władz policja państwowa, a od 1874 roku urząd stanu cywilnego.

Po roku 1808 urzędnicy miejscy stracili uprawnienia w zakresie orzecznictwa karnego, powołany został państwowy sąd miejski. Po roku 1874 Słupsk przekazał państwu pruskiemu port w Ustce, od tej daty rozpoczęło się osłabienie istniejącego stosunku prawnego do usteckiej osady. Samodzielność gospodarczą (w okrojonym zakresie) Ustka uzyskała w roku 1874, natomiast pozostałe zależności prawne od Słupska, zostały ostatecznie zniesione w 1900 roku. Po roku 1815 Słupsk był miastem stołecznym największego powiatu ziemskiego w Prusach (2200 km kw.). Związki z organizację samorządu powiatowego trwały do 1898 roku, w tym roku Słupsk uzyskał status miasta na prawach samodzielnego powiatu.