Kiedy we wrześniu 1464 zmarł ostatni przedstawiciel szczecińskiej linii książęcej - Otton III, pretensję do spadku w postaci ziem pomorskich - zgłosili: władca Brandenburgii, elektor Fryderyk II, książę słupski Eryk II, książę wołogojski (niem. Wolgast) Warcisław X oraz jego synowie. Pozycję książąt pomorskich wobec roszczeń Brandenburgii wzmocniło uregulowanie stosunków z Polską, podczas bydgoskiego spotkania Eryka II z Kazimierzem Jagiellończykiem. Konflikt zbrojny, w który przekształcił się spór o księstwo szczecińskie, zakończył się ostatecznie pokojem zawartym w Przecławiu w maju 1472. Zawarty kompromis potwierdził prawa zwierzchnie brandenburskiego elektora, ale jednocześnie pozostawiał księstwo szczecińskie w charakterze lenna w rękach Warcisława X i Eryka II. Ten porządek utrzymał się po śmierci Eryka w 1474 i objęciu władzy przez Bogusława X, który był jego synem. Bogusław odmówił złożenia hołdu lennego margrabiemu brandenburskiemu i doszło do ponownego wybuchu konfliktu.

W trakcie wojny zmarł Warcisław X i w wyniku tej śmierci jedynym władcą pomorskim został Bogusław X. Konflikt pomorsko - brandenburski zakończył się przegraną Bogusława i w pokoju w 1479 roku podpisanym ponownie w Przecławiu, uznał się on lennikiem elektora Albrechta. W roku 1486 po śmierci Albrechta, Bogusław odmówił odnowienia stosunku lennego, po śmierci swojej żony Małgorzaty (córki Fryderyka II), związał się mocniej z Polską poślubiając w 1491 roku Annę - córkę Kazimierza Jagiellończyka. W wyniku tej sytuacji, nowy władca brandenburski Jan, zdecydował się na ustępstwa. W pakcie zawartym 26 marca 1492 roku w Pyrzycach, Bogusław (i jego następcy) zostali zwolnieni z obowiązku składania hołdu i przysięgi. W zamian za to Bogusław obiecał, że nie pozostanie lennikiem żadnego innego władcy i w wypadku wygaśnięcia dynastii Gryfitów, księstwo pomorskie na zasadzie sukcesji wejdzie w skład Państwa Brandenburskiego.

Wojna trzydziestoletnia, zapoczątkowana w 1618 wydarzeniami w Czechach, z czasem objęła swoim zasięgiem także Pomorze. W 1624 roku książę Bogusław XIV zwrócił się do miasta z żądaniem wystawienia kontyngentu piętnastu konnych i stu pieszych żołnierzy. Słupscy żołnierze wraz z kontyngentem pobliskich miast; Sławna, Bytowa, Darłowa, Szczecinka oraz Lęborka tworzyli kompanię, której zadaniem była ochrona portów i przejść granicznych Pomorza Środkowego. Ze względu na duże koszty związane z utrzymaniem pod bronią żołnierzy w mieście, zostali oni częściowo rozproszenie - jednak latem w 1627 roku, powołano ich ponownie. Wkrótce na ziemię pomorską wkroczyła armia cesarska i jej mieszkańców spadł ciężar jej utrzymania. W okresie pobytu wojska, miasto dotknęły dwie epidemie a w roku 1629 Słupsk przeżył klęskę głodu, na skutek nieurodzaju w roku poprzednim.

Po ustąpieniu wojsk cesarskich, księstwo zostało zajęte w 1630 przez armię szwedzką. Dla Słupska oznaczało to ponowne działania kontrybucyjne i kwaterunkowe. Po klęsce wojsk szwedzkich pod Nördlingen w 1634 roku, obciążenia dla miasta jeszcze wzrosły. Sytuację społeczno-polityczną, skomplikowało dodatkowo wygaśnięcie w 1637 roku dynastii Gryfitów. Zgodnie z postanowienia układu sukcesyjnego, prawowitym następcą Bogusława XIV był elektor brandenburski.

Szwedzi próbowali wykorzystać zaistniałą sytuację i objąć w posiadanie zajmowane terytorium. Władzę początkowo sprawował pomorski rząd tymczasowy. Później został on rozwiązany i w imieniu szwedzkiego króla, od 1638 roku rządy sprawował generalny gubernator - dowódca szwedzkiej armii, generał Jan Baner. W 1648 roku zawarty został pokój westfalski, który zakończył wojnę trzydziestoletnią. Zgodnie z jego postanowieniami, Słupsk wraz swoimi ziemiami przeszedł pod panowanie Brandenburgii.