Podstawą struktury rękodzielniczej w omawianym okresie, stanowił ustrój cechowy. Organizacje cechowe powstawały stopniowo, w miarę jak były w stanie zespolić minimalną ilość mistrzów w określonej dziedzinie produkcji. W XVI w istniały w Słupsku organizacje zawodowe m.in. balwierzy, bednarzy, browarników, bursztynników, fistulatorów, kołodziei, konwisarzy, kowali, krawców, kuśnierzy, piekarzy, płócienników, rzeźników, siodlarzy, stolarzy, sukienników, szewców i tkaczy. Rzemieślników nienależących do organizacji cechowych nazywano tzw. partaczami lub wolnymi mistrzami, byli też rzemieślnicy koncesjonowani, choć niezrzeszeni, np. aptekarze. Wśród rzemiosł branży spożywczej prym wiedli browarnicy.

Wg statusu gildii od kandydata na browarnika wymagano obywatelstwa miejskiego, własnego domu (min. 7 m szerokości) do warzenia piwa z murowanym kominem. Statut z 1592 roku dopuszczał także do uprawiania browarnictwa bursztynników i sukienników. Do branży rzemiosł spożywczych należeli także piekarze, ich cech liczył pod koniec XVI w szesnastu mistrzów. Do ich obowiązków należało codzienne zaopatrzenie w świeże pieczywo czterech kramów znajdujących się na rynku. Podobnie rzeźnicy - istniało w mieści sześć jatek, które były czynne przez trzy dni w tygodniu.

Cech kowali liczył w 1618 dwudziestu trzech mistrzów, zrzeszał kowali właściwych, nożowników i rusznikarzy. Jedno z głównych miejsc zajmowali szewcy, cech ich liczył około 28 członków. Do branży drzewnej należeli stolarze, bednarze i kołodzieje. Na ich potrzeby pracował tartak, zbudowany na terenie lasku miejskiego. Drewno było też głównym surowcem do budowy statków w usteckiej stoczni. Na terenie miasta znajdowały się dwie cegielnie wytwarzające cegły i dachówki. Potrzeby mieszkańców w zakresie rozrywki zaspokajali fistulatorzy - muzycy grający na piszczałkach.

Wyjątkową, wysoką pozycję zajmowali bursztynnicy, którzy już w roku 1480 posiadali własny cech. Wyjątkowo pośród innych rzemieślników, posiadali prawo do uprawiania handlu - na równi z kupcami. Sprzedając swoje towary za granicą, otrzymywali często w zamian złoto, srebro, perły, jedwab lub aksamit. W 1643 roku cech bursztynników liczył czterdziestu trzech członków.

Miasto w połowie XVI wieku nie zniwelowało jeszcze strat poniesionych w wyniku wspomnianego już wcześniej, pożaru w 1477 r. Niemniej jednak, pojawiły się nowe elementy w miejskiej zabudowie. W 1507 roku w południowej części miasta, w obrębie murów miejskich zbudowany został zamek książęcy. Stanowił on wraz z kościołem podominikańskim (zamienionym na zamkowy) oraz młynem - jurydykę książęcą, odseparowaną administracyjnie i przestrzennie część miasta. Pod książęcą administracją znajdowały się także zabudowania klasztoru norbertanek, położone w pobliżu Bramy Holstenów. Naprzeciwko Bramy Młyńskiej znajdowało się przedmieście garncarskie (nazwa dzisiejszej ulicy), istniało także przedmieście przed Nową Bramą, na którego terenie były zlokalizowane dwa szpitale; św. Jerzego - pełniący funkcję szpitala miejskiego i św. Ducha - mający charakter przytułku dla starców i niezdolnych do pracy.

Obydwa szpitale położono poza murami miejskimi, gdyż w trakcie wybuchu epidemii, konieczna była izolacja chorych poza obrębem miasta. W słupskim ratuszu istniała także apteka, obsługiwana przez miejskiego aptekarza. Najbardziej okazała zabudowę posiadał Stary Rynek oraz ulica Długa (dzisiaj Mostnika). W 1628 roku w okolicy tej znajdowała się największa liczba domów, podczas gdy na pozostałych terenach miasta przeważały tzw. budy. Ogółem w Słupsku było w tym czasie 196 domów, 178 bud oraz 115 piwnic mieszkalnych. Ludność Słupska wynosiła w tym okresie około trzech tysięcy osób. W utrzymaniu higieny osobistej pomagały mieszczanom łaźnie, najzamożniejsi posiadali łaźnie w swoich domach, pozostali mogli korzystać z łaźni miejskiej, która znajdowała się w okolicy kościoła św. Mikołaja.